MyWebの全文検索機能では、Microsoft Index Serviceを利用しています。
そのため、全文検索が可能なファイルはHTML、テキスト、Office製品になっています。
これら以外のPDFファイルや一太郎ファイルを検索対象にするためには、各ファイル用のフィルターを入手し、インストールする必要があります。
PDFファイルや一太郎ファイルのフィルターの入手方法は下記Microsoftのサポートサイトを参照してください。
http://www.microsoft.com/japan/sharepoint/server/downloads/IFilter.asp